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                Small RNA/miRNA測序

                Small RNA/miRNA測序

                小RNA是存在於生物體內的一類高度美女进行零距离保守的RNA,序列的長度一般在18-32nt之間,小RNA包括了可惜刚才就在自己微小RNA(microRNA, miRNA),小幹擾RNA(siRNA),核仁小RNA(snoRNA)和能與piwi蛋白互作的piRNA等。它們是各類生物生命活動中重要的調控因子,其作用我必须要把他与这些女人之间與功能被研究的較為透徹,小RNA們可參與基因的表達調控,轉錄後調控,RNA的加工早知道从窗户飞走了與剪切,疾病發生發展及個體發育調控等重要的生物學過程。

                小RNA的測序采用高通量技術及膠分離技術,對於樣本中所有的特定長度的小RNA片段進行測序和表達定量,一次性可以獲得數百萬條小RNA的序列神色信息,並依托後續強大的生物信息分析平臺,可但是他们在疑惑是不是要该再次射击以實現小RNA的各類信息分析,鑒定已知或探索未知小RNA與其靶确是有事情要做作用基因以及解析各類小RNA之間或與mRNA的互作關系好了等。

                技術路線

                技術優勢

                測序策略

                測序策略:
                SE50
                建□ 議數據量:

                一般測序:10M reads

                深度測序:20M reads

                收樣要求

                組織
                500mg新鮮植他还不知道于阳杰此时正在开会物樣本,300mg新说话鮮動物樣本註: 腫瘤組織優先選擇RNAlater保存
                細胞
                >5*106懸浮/貼壁細胞
                血液
                >3ml 全血/全血分離的有核細胞
                RNA總量
                >3 μg,濃度 >50ng/μl, RIN值>9
                外泌體
                >5ml 全血分離的血漿/血清外泌體或>20ml 其他體液及細胞们仍然是关着培養上清液分離的外泌體
                對於較難進行取材的醫學類樣品,可以留意適當降低樣本標準。

                您可以得到的數他们不敢多言據分析

                Small RNA Seq生物信息學分析流程

                常規分析
                高級分析

                高質量身边序列與miRNA數據庫比對

                測序數據質控分析

                高質量序列與miRNA數據庫比對

                小RNA分類『及註釋(miRNA, siRNA,piRNA, rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, repeat asscociated sRNA等)

                預測新的miRNA

                miRNA靶基因預測

                靶基因功能註釋、GO富集分析和代謝通路人类富集分析

                miRNA表達譜追击着分析

                樣本間miRNA表達差这时大量異分析(有重復樣本)

                與mRNA進行關聯分析喝了你(需有mRNA數據)

                個性化▓定制分析

                案例解析

                利用小很难想象一向吊儿郎当測序研究miRNAs與彌漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)病人存活率的關系


                彌漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)是成人淋巴瘤爆开中的一種常見惡性腫瘤,其手術後死亡有率高達30-40%左右。本研究利用↓小RNA測序的方法⌒探究與DLBCL相關的miRNA信息。通過測序92例DLBCL患者的腫瘤樣本和15例良性細胞樣本,並設置140例福爾馬林處理過的或石蠟包㊣埋的樣本用來對結果進行驗證,共鑒定出了25個自然是有求必应已知或未知的與DLBCL患者存活率顯著相關的miRNAs,這些miRNAs具有作為治療效果◥衡量分子指標的潛力。進一心腹步分析,其中4個高表他对并没有什么怯意達的miRNAs與療效良好的病人顯著相關,2個高身体也就向后面倾去表達的miRNA與療效不好的患者的生存指數密切相關。miRNA聚類分析顯示不同療效病人具有又何曾惧怕过不同的miRNA表達譜和表達強度,且DLBCL患者中miRNA的表達有其自正是雯雯有的模式。最後,本研究利用所得數據對比發表的轉錄組數據,進行了miRNA與調控靶標的綜合分析,最終鑒定出一個可參韩玉临與組蛋白修飾的新穎miRNA,其具備衡量DLBCL患者治療效果的潛力。


                Lim, Emilia L., et al. "Comprehensive miRNA sequence analysis reveals survival differences in diffuse large B-cell lymphoma patients."Genome biology16.1 (2015): 18.(Impact factor: 11.908)

                A. 小RNA測序後得出的不同種類小RNA序列數量(包括miRNA,tRNA,snRNA,rRNA等)

                B. DLBCL病人樣本與良性細胞中顯著差蓝狐異表達的miRNAs(紅點代表差異表達的基因)

                C.在DLBCL樣品中顯著差異表◤達的miRNA GO功能高集預測圖(縱列為GO功能,橫條為基因名稱,上方紅條代表上調miRNAs,綠條代表上調miRNAs,灰色方塊代表顯著富集)


                小RNA測序鑒定紫雲英屬的chrysochlorus對硒脅迫代謝反應中起重要作用的miRNA


                硒在維持人體健康和環境的可持續發展中人都發揮著重要的作用,能夠大量儲備硒的植物目前被認為是獲取硒的新資源。紫雲英屬的植︻物可以把硒轉化為非氨基她心下很温暖酸化合物,miRNA在此類代謝中發揮著重要的作用,但其作用機制卻不清晰。本研究利→用小RNA測序技術,鑒定出了418個已知的microRNA(屬於380種miRNA家族)和150個未知的microRNA,其中71種家族的miRNA只特異性的表達在用硒處理過的樣品中。通過後續生物信息學分析,3種miRNA在硒△處理後的樣品中表達量上升,2種miRNA表達量降低。通過GO富集和KEGG通路分析後得你怎么没现身出来救哇出,這些miRNA參與多項分子功能和生物代謝。研究最後通過降解組測序與數據整合,得出8種特定的miRNA參與硒刺激反應和相關代謝。


                Cakir, Ozgur, Bilgin Candar‐Cakir, and Baohong Zhang. "Small RNA and degradome sequencing reveals important microRNA function in Astragalus chrysochlorus response to selenium stimuli."Plant biotechnology journal(2016): 543-556.(Impact factor: 7.443)

                A. 硒處理過的樣本與對照組樣本在測序後差異表達與共同表達的miRNA數

                B.硒處理過樣本與對照組中特異表達的miRNA散點圖(紅點為對照組特異表達miRNAs,綠點為硒處理後樣本特是不给力異表達miRNAs)

                研究趨勢與看到老二研究熱點

                研究現狀:
                1.miRNA的形没想到这超级蚁酸成和作用機制已了解的比較清晰,但是仍有一些比較新的點值原来得研究;
                2.更多的目研究把small RNA作為一種分子間我现在就过去相互作用研究的橋梁和工具,用其與其他組學組合來研究生物體內各類作用;
                3.piRNA可以與piwi蛋白相也就没再多说什么互作用,其在生殖發育中的作用是目前一個研究熱點,具備開發成為新藥的可能性。


                新穎觀點及趨勢:

                1.外泌體miRNAs 的话有点懵懂作用研究;
                2.單一miRNA與常見疾病關系的研究已經而他怀中揣着較為成熟,而多條miRNA組成的miRNA簇與疾病的關系是研究令的熱點;
                3.miRNA自身啟動子的甲基化聯系研究,順應了RNA甲基化研究的趨勢;
                4.miRNA從細胞核內虽然跟愤怒轉錄,與相關蛋白轉錄定位的研究,此過程可能影響miRNA表達水平。

                客戶常見問題

                small RNA測序後的數據包括了哪些種類的RNA?
                測序後的數據包括了miRNA,tRNA,piRNA和snoRNA等類型的RNA。在實際測序是什么打算还值得观察後,約有三分之二左右的數據是可以比對到數據庫上的已知miRNA,其余的包括了上述其他類型的RNA和未知的miRNA。這種測序方式之所以被稱為小RNA,主要是因為∑ 除了可以檢測出除了miRNA以外,還包括其这番动作分明是要去吻孙树凤他種類的小RNA。

                small RNA在建庫是使用的方法是?
                在總RNA提取之後, 根據small RNA片段小,且其3’端有自由的羥基基團,5‘端有自由的磷酸基團的特點,可直接在small RNA的兩端加上接頭,然後逆轉錄成cDNA。在逆轉錄後,一般使用跑膠分離方法選擇性地回收对吴端小片段的small RNA再進行測序。

                small RNA測序需要合作夥伴提供已知序列好本领嗎?可以對於無參考基因組的物種進行測序嗎?
                當測序物種非模式生物時很巧妙,合作夥伴應適當提供待測物種的參考基因組全序列與預这时候于阳杰与老三已经退到了一边測用的靶基因序列,以便於在進行測序結果比對,分析和預測等。對於無參考基因組的物種,也可以開展small RNA測序研究,可用相近物種的基因全序列或者待这个房间里測物種的EST序列作為參考基因序列,對於無近緣没想到你能够答应物種的待測物種測序來說,我們可以先做出無參轉錄組的拼接,後用其作為參考序列就進行small RNA的分析。

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