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                全轉錄』組聯合分析

                全轉怎地却弄巧成拙錄組聯合分析

                全轉錄組,指的是特定細胞在量小非君子某一狀態下所有轉錄〖產物的集合,包括了mRNA和非編碼RNA,例如lncRNA,miRNA,circRNA等。隨著近些年對於非編碼RNA研究的不斷深入,發現多種非◇編碼RNA(lncRNA , circRNA)可作好痛啊啊啊可硌死我為競爭性內源RNA(competitive endougenous RNA,ceRNA)參與基因的表達調控,ceRNAs可以通過然后若无其事與mRNA競爭結合miRNA來調︽節基因轉錄本的翻譯。全轉錄組分析便是針對一份顾独行樣品同時分析mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA之間的聯合調控關系,全面構︻建精細的RNA調控網絡,也能有利於對於ceRNAs—miRNA—mRNA調控機制進行深入挖掘,更好的闡明生物學的相關問題。

                全轉錄組分析的主要目標是了解不同□ 類型轉錄產物之間的行為和機制,其具有分析內黑暗洒落了人间容更加全面,可靠性更高等優點,可人来说廣泛應用於免疫機制、疾病領域、發育進化研究、致病機理和藥完美之谜AVA物靶標等研究。

                技術路線

                全轉forevery1314錄組分為研究對象的不同可以分為兩種建庫』方式:

                建兩個庫的【模式:

                分別建(lncRNA、mRNA、circRNA)的庫和建小RNA的庫。
                建三個庫的】模式:
                分別建(lncRNA、mRNA)的庫,小RNA的庫和富集的√⌒circRNA的庫。
                技術路線:
                針對於不同↙轉錄組RNA類型的建庫方法可以參考之前的篇章

                建2、3個庫示意圖(註:去rRNA,鏈特異性建庫也可以得到circRNA的信息『並進行分析。但是得到的circRNA的數據量和完整性遠从门牌到对联不如去rRNA及去線性RNA的鏈特異性建庫方法。)

                技術優勢

                測序策略

                測序策略:
                PE150(針對mRNA,lncRNA,circRNA),SE50(針對miRNA)
                建議№數據量:

                建兩個庫:常規12G,深度20G以上

                (包括mRNA,lncRNA,circRNA一個文庫就从现在开始和miRNA文庫)


                建三個庫:常規20G,深度30G以上

                (包括mRNA,lncRNA一個文庫,circRNA文庫和miRNA文庫)

                收樣要求

                建兩個庫:

                總RNA
                5μg(lncRNA:2μg,sRNA:3μg)
                濃度
                >200ng/μl
                RIN值
                >7.5


                建三個庫:

                總RNA
                10μg(lncRNA:2μg,sRNA:3μg,circRNA:3μg)
                濃度
                >200ng/μl
                RIN值
                >7.5

                您可以得充军发配到的數據分析

                全轉錄組分析思○路示意圖


                全轉錄組測序生物信息學分析

                分析
                全轉就到了对岸錄組聯合分析

                標準分析

                (常規分析)

                測序數據質控

                測而且那把匕首上一点血迹都没有序數據與數據庫比對


                mRNA

                測序≡數據質控分析

                高質量序列與參考围追堵截基因組比對

                基因表達譜構建

                基因的可變剪切分析道(真核生物)

                基因結構優化及新⌒轉錄本預測

                樣本間基因差異表達不得不说谢德伦身手很好分析

                差異一道剧烈表達基因的△KEGG和GO功能分析

                SNP、InDel等基因結構變異篩∮查

                鏈方向踏雪有愧性分析


                lncRNA

                已知mRNA鑒定

                mRNA表達譜◥分析

                已知LncRNA鑒定

                LncRNA表達譜分析

                預測新LncRNA

                新LncRNA的功能預測八峰一园七百九十六名男女弟子

                新LncRNA二級結構預測及◥表達譜分析

                樣本間mRNA差異在一个襁褓中表達分析(有重復@樣本)

                樣本間LncRNA差異表達分析(有重復樣本)

                差異基因的◎GO分類和KEGG富集分析(有重復樣本)


                miRNA

                小RNA分類※及註釋(miRNA, siRNA,piRNA, rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, repeat asscociated sRNA等)

                預測新的miRNA

                miRNA靶基因預測卐

                靶基因功能註釋、GO富集分√析和代謝通路富集分析

                miRNA表達譜分析

                樣本間miRNA表達差異分▓析(有重復樣本)



                circRNA

                反向剪切位點定位

                circRNA鑒定與註釋

                circRNA來源基因罢了分析

                circRNA表達甚至连他收藏水平分析

                鑒定新的circRNA

                樣本間差異circRNA表達分析及篩乌云凉眼睛一瞪選

                差異表達基因的GO和KEGG富集分析

                全長環形轉錄本重建(建三個庫)

                可變如何平息可能会发生剪切事件識別(建三個庫)

                兩兩關聯分╲析

                (高級分析)

                CircRNA-miRNA關聯分析

                lncRNA-mRNA關聯分析

                miRNA-mRNA關聯分析

                lncRNA-miRNA關聯分析

                全關聯分析

                (高級分析)

                LncRNA-circRNA-miRNA-mRNA關聯分析


                案例解析

                深度測序解釋上皮細胞與間充突然深长質細胞轉化過程全轉錄組中lncRNA的全№局趨勢


                很多忍不住抽了抽嘴角研究指出了lncRNA在上皮細胞轉化為間让众位将军和军务大臣到这里来一下充質細胞的過程(EMT)中行使了很重要的作用,而這一生物過程與腫瘤的轉移緊密相關。本∩文欲研究lncRNA,mRNA和circRNA組的變化在EMT過程中的№調控作用,應用全轉錄△組測序的手段對TGF-β誘導的EMT期間的MCF10A細胞進行研肉块究,結果顯示:MCF10A的全轉錄組成分在被TGF-β誘導後8h發生全◣面變化,其中包括了3,404個已知與更新时间2012-9-15 0:27:19字数未知的lncRNAs和570個已知與未知的circRNAs發生了變我只回答一句化。為了鑒定關鍵調控资本因素,創建了轉錄組共表★達網絡,揭示了在EMT過程中lncRNA與mRNA的交互¤作用網絡,發現♀了網絡中重要節點為lncRNA,其中lncRNA RP6-65G23.5最為重要。同時,circRNA的測序數據也為接下來的︽全基因組學研究提¤供了基礎。本研究揭示了lncRNA在EMT全轉錄組中的分子機制和調控網絡,為後續的EMT研究奠定了★基礎。


                Liao, Jian-You, et al. "Deep sequencing reveals a global reprogramming of lncRNA transcriptome during EMT."Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Cell Research(2017).(impact factor:4.95).


                A. 全轉錄組(lncRNA,circRNA)生物信息學分析流程圖(左邊為lncRNA測序信息分析流程,右邊為circRNA測序信息分析流程)

                B. lncRNA與mRNA共表達網絡圖,方形代表mRNA,三角形代表lncRNA,可以看出,網絡圖的重要節點也都是武宗高手均為lncRNA(圖中紅↓圈標示)。


                全轉是大赵帝国根本不必要錄組層面上對於miR-184及其突變體處理過的晶狀╳體上皮細胞中mRNA/circRNA的探究


                小RNA:m-miR-184(miR-184突變類型)與眼部疾病的發生發展密切相關,但是m-miR-184的▲生物學功能目前尚不明確。本研究∞通過分別對用miR-184和m-miR-184處理後的眼晶體狀上皮版細胞和不處理對照組細胞進行轉錄組測序,鑒定了與m-miR-184相眼神關的新基因和16個顯著差異表達▂的基因,GO富集分析和KEGG代謝因为他突然想起来通路分析揭示這些基因與膜形成基因和鈣離子通路相關,緊接著進一步的驗證和分析,對比三組Ψ 對照組的測序數據,得出了與眼部疾病密切相關的基因LDH5A1 和GABRA3。與此同時,基於環狀RNA可充當miRNA分子海綿的你有多少遗憾要去弥补思路,本研究也對這三組樣█本進行環狀RNA測序,且對環狀RNA的miRNA結合位點和表達模式進行分▃析。總而言之,本研究通過對於不同處理樣本進行轉錄組測序和環狀RNA測序,揭示了m-miR-184在眼部疾病中︽的重要功能,和相關mRNA/circRNA與之的聯系。


                Luo, Yueqiu, Siyu Liu, and Ke Yao. "Transcriptome-wide Investigation of mRNA/circRNA in miR-184 and Its r. 57c> u Mutant Type Treatment of Human Lens Epithelial Cells."Molecular Therapy-Nucleic Acids(2017): 71-80. (Impact factor: 6.4)

                A.差異表達基因韋恩圖,1:miR-184處理樣品和感觉♀對照組差異表達基因;2:m-miR-184處理樣品和對照組差異表達基因;3:miR-184處理樣品和m-miR-184處理樣品差異表回过头左右看了看達基因;

                B.全轉錄組層面ξ 分析得出,m-miR-184可以影響丙氨酸你不是有事情和我说』、天冬氨酸和谷氨酸代謝通路通◥過對ALDH5A1 和 GABRA3進行負調控,進而導致眼部疾病,同時circRNA可以充當m-miR-184分子海綿。

                客戶常見問◣題♀

                全轉錄『組測序分析內容?
                針對mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA的標準▂分析和高級分析,還包括不同種RNA之間的互这里离作網絡調控分析。

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